Ένα από τα πρώτα πράγματα που προβληματίζουν κάποιον όταν αποφασίσει να φτιάξει ένα ενυδρείο, είναι το υλικό που θα χρησιμοποιήσει σαν υπόστρωμα. Αυτό το ζήτημα γίνεται ακόμα πιο έντονο, όταν δεν ξέρει από την αρχή τι ενυδρείο θα φτιάξει, με τι είδη ψαριών, αν θα βάλει φυσικά φυτά ή όχι κλπ... Κάποιοι πηγαίνουν σε ένα κατάστημα και αγοράζουν γενικώς "χαλίκι για υπόστρωμα". Τις πιο πολλές φορές δεν τους ρωτά ο πωλητής για τι ενυδρείο το θέλουν και απλά τους δίνει το χαλίκι που έχει εκείνη την στιγμή διαθέσιμο. Αυτό μπορεί αργότερα να βάλει τον κάτοχο του ενυδρείου σε διαδικασίες αλλαγής του, πράγμα που δεν είναι και το πιο εύκολο, μετά από το στήσιμο του ενυδρείου. Κάτι τέτοιο δείχνει ότι πριν αρχίσει κανείς να φτιάχνει ένα ενυδρείο, πρέπει να είναι ενημερωμένος για πολλά πράγματα: Είδη ψαριών, φυσικά ή πλαστικά φυτά (τα οποία είναι σε κάθε περίπτωση απαράδεκτα!!!), χρησιμοποίηση ή όχι φίλτρου βυθού, θερμαντικό στοιχείο βυθού, είναι μερικά από τα στοιχεία που πρέπει να αποφασίσει αν θα τα βάλει ή όχι.

Υπάρχουν πολλά είδη υλικών που είναι κατάλληλα για υπόστρωμα ενός ενυδρείου. Υλικά με διαφορετικό χρώμα, μέγεθος κόκκου και ιδιότητες, αλλά δεν είναι όλα το ίδιο κατάλληλα για όλα τα είδη ενυδρείων. Για τα ψάρια δεν έχει ιδιαίτερη σημασία το υλικό που θα χρησιμοποιήσουμε για υπόστρωμα, εκτός από κάποιες εξαιρέσεις. Εκεί που είναι πιο σημαντικό τι επιλογή θα κάνουμε, είναι όταν πρόκειται να βάλουμε στο ενυδρείο μας φυσικά φυτά. Αυτά έχουν άμεση επαφή με το υπόστρωμα και κάποια από αυτά τρέφονται κατά κύριο λόγο από εκεί, πράγμα που κάνει σαφές ότι είναι πρωταρχικό θέμα για αυτά, το υλικό στο οποίο είναι φυτεμένα. Σαν πιο κατάλληλο θεωρείται το χαλαζιακό χαλίκι, που είναι ουδέτερο και επιπλέον δεν έχει αιχμηρές ακμές. Το μέγεθος των κόκκων μπορεί να είναι 3-5 mm.

Στο εμπόριο κυκλοφορούν πολλά είδη και μεγέθη. Αρκεί να ρίξουμε μια ματιά στα on line καταστήματα και θα διαπιστώσουμε ότι μπορούμε να βρούμε από μαύρο χαλίκι, μέχρι κόκκινο, λευκό, καφέ, γκρι κλπ. Όσο για το μέγεθος, υπάρχουν είδη με μεγέθη 1 mm, 2-3 mm, 3-5 mm έως 6-12 mm. Από κάποιο σημείο και μετά μπαίνει και ο παράγοντας προσωπικό γούστο, κάτι που μερικούς τους οδηγεί σε τελείως ακαλαίσθητα αποτελέσματα. Για παράδειγμα, είναι τελείως απαράδεκτο το βαμμένο χαλίκι που βρίσκει κανείς στην αγορά σε πολλά χρώματα.

Κάτι που είναι πολύ σημαντικό: Το ζητούμενο είναι να αποφύγουμε να έχουμε υπόστρωμα που με τον καιρό θα γίνει σαν ένα σώμα. Αυτό θα αποκλείει την κυκλοφορία του νερού, κάτι που δεν είναι επιθυμητό, γιατί δημιουργούνται αναερόβιες παγίδες αερίων από ζυμώσεις βακτηριδίων, σαπίσματα κλπ, που είναι τοξικά για τα ψάρια. Σε τέτοιες περιπτώσεις καλό είναι να «ελαφραίνουμε» την άμμο τακτικά με ένα πιρούνι.  Η λύση σε αυτό, δεν είναι τόσο το μέγεθος των κόκκων του υλικού που θα χρησιμοποιήσουμε, αλλά η δυνατότητα να έχουμε χαλίκι ή χοντρόκοκκη άμμο, που να αποτελείται από κόκκους με το ίδιο μέγεθος. Μόνο τότε εξασφαλίζουμε ότι το υπόστρωμα θα είναι μόνιμα χαλαρό. Αν έχουμε διαφορετικά μεγέθη κόκκων, τότε οι πιο μικροί μπαίνουν ανάμεσα στα κενά που αφήνουν οι πιο χοντροί κόκκοι και όλο μαζί αυτό το σύμπλεγμα δημιουργεί μια συμπαγή μάζα.

Σε γενικές γραμμές δεν χρησιμοποιούμε υλικά που είναι ασβεστολιθικά, γιατί ανεβάζουν την σκληρότητα του νερού. Εξαίρεση αποτελούν ενυδρεία με ψάρια που προέρχονται από νερά με υψηλή σκληρότητα, όπως είναι τα ψάρια από τις λίμνες της δυτικής Αφρικής. Σε αυτή την περίπτωση μπορούμε πολύ απλά να πάμε σε μια παραλία και να μαζέψουμε άμμο ή χαλίκι, κοιτάζοντας μόνο αν μας ικανοποιεί το χρώμα και το μέγεθος των κόκκων, χωρίς να μας απασχολεί αν είναι ή όχι ασβεστολιθικά. Εκείνο που πρέπει να κάνουμε μόνο, είναι να πλύνουμε πολύ καλά το χαλίκι αυτό, για να είμαστε βέβαιοι ότι δεν θα περιέχει ρίπους που θα ήταν επικίνδυνοι για τα ψάρια μας.

Για όλες τις άλλες περιπτώσεις ενυδρείων, αν αποφασίσουμε να βρούμε χαλίκι από κάποια πηγή (θάλασσα, ποτάμι κλπ) και όχι από κατάστημα, πρέπει να σιγουρευτούμε ότι δεν είναι ασβεστολιθικό. Αυτό μπορούμε να το κάνουμε ρίχνοντας πάνω του υδροχλωρικό οξύ (ακουαφόρτε) που πωλείται σε όλα τα σούπερ μάρκετ. Αν το χαλίκι αφρίσει, αυτό σημαίνει ότι δεν είναι κατάλληλο για ενυδρείο στο οποίο θα βάλουμε ψάρια που θέλουν μαλακό και όξινο νερό.

Επειδή ο βυθός μπορεί να δουλέψει σαν βιολογικό φίλτρο του νερού, πρέπει να φροντίσουμε να παρέχεται οξυγόνο στα βακτηρίδια που είναι εγκατεστημένα εκεί. Αυτό μπορεί να γίνει αν είναι δυνατή η κυκλοφορία του νερού μέσα στο υπόστρωμα. Μεγάλη βοήθεια σε αυτό μπορεί να προσφέρει η εγκατάσταση θερμαντικού στοιχείου βυθού. Το νερό που είναι μέσα στο υπόστρωμα θερμαίνεται και ανεβαίνει προς τα πάνω, ενώ ταυτόχρονα το πιο κρύο νερό το αντικαθιστά, και με αυτό τον τρόπο δημιουργείται μια αργή, αλλά απαραίτητη για τα βακτηρίδια μικροκυκλοφορία, η οποία παράλληλα, σε περιπτώσεις φυτεμένων ενυδρείων βοηθάει, ανανεώνοντας συνεχώς τα θρεπτικά συστατικά για τις ρίζες των φυτών. Εδώ βέβαια πρέπει να τονίσουμε ότι ανάμεσα στους κατόχους ενυδρείων υπάρχουν αντικρουόμενες απόψεις, όσον αφορά την χρησιμοποίηση της θέρμανσης βυθού. Στο εμπόριο όμως εξακολουθούν να πωλούνται τέτοιου τύπου θερμαντικά στοιχεία, για αυτούς που είναι πεπεισμένοι για την χρησιμότητα τους. Προϋπόθεση φυσικά για την χρήση αυτού του τύπου της θέρμανσης είναι η χρησιμοποίηση χαλικιού και όχι λεπτής άμμου, αφού η άμμος δεν αφήνει περιθώρια στο νερό να κυκλοφορεί ανάμεσά της.

Γενικά δεν βάζουμε λεπτή άμμο αν πρόκειται να έχουμε φυσικά φυτά στο ενυδρείο μας, γιατί αυτή η έλλειψη κυκλοφορίας του νερού ευνοεί το σάπισμα των ριζών των φυτών. Μπορούμε όμως να την χρησιμοποιούμε σε ενυδρεία με αφρικάνικες κιχλίδες από την λίμνη Μαλάουι ή Τανγκανίκα. Επιπλέον το χαλίκι επιτρέπει σε υπολείμματα τροφής και σάπια φύλλα να εισχωρούν ανάμεσα στους κόκκους του και να κάθονται στον βυθό. Αυτό με την σειρά του επιτρέπει στα βακτηρίδια να αποδομούν αυτά τα στοιχεία και να τα μετατρέπουν σε ουσίες που μπορούν να φανούν χρήσιμες στα φυτά. Η άμμος δεν έχει τα κενά που θα άφηναν αυτά τα υπολείμματα να εισχωρήσουν μέσα της, και μένουν στην επιφάνεια του υποστρώματος όπου και αποδομούνται εκεί και ίσως επιβαρύνουν πιο πολύ την ποιότητα του νερού. Από την άλλη μεριά, αυτό κάνει πιο εύκολη την απομάκρυνση τους από το νερό με σιφονάρισμα.

Υπάρχουν όμως και χομπίστες που θεωρούν την άμμο σαν καλή λύση για το φυτεμένο ενυδρείο, με την προϋπόθεση να μην είναι πολύ λεπτόκοκκη, αλλά με διάμετρο κόκκου 0,5 - 1 mm. Αυτοί όμως δέχονται ότι ένα τέτοιο ενυδρείο χρειάζεται καλό φίλτρο, αφού δεν συμμετέχει και το υπόστρωμα στην διαδικασία φιλτραρίσματος.

Ένα άλλο μεγάλο θέμα είναι οι προτάσεις που γίνονται για υλικά στο υπόστρωμα, κάτω από το χαλίκι ή την άμμο. Μια εκδοχή είναι αυτή που περιγράφεται στο υπόστρωμα του 5ου Ενυδρείου.

Πολλοί θεωρούν, ότι πολύ χρήσιμη στην καλή ανάπτυξη των φυτών, είναι η προσθήκη τύρφης κάτω από το χαλίκι. Αυτό γίνεται με συγκεκριμένη διαδικασία, γιατί είναι εύκολο να δημιουργηθεί σάπισμα της τύρφης, αν η ποσότητα και η πυκνότητα της είναι περισσότερη από ότι πρέπει, αφού η τύρφη είναι οργανικό υλικό. Το σάπισμα έχει σαν συνέπεια την έλλειψη οξυγόνου στην περιοχή και αυτό με την σειρά του δημιουργεί σάπισμα των ριζών. Ουσιαστικά η τύρφη δεν προσφέρει θρεπτικά συστατικά στα φυτά, αλλά δημιουργεί όξινο περιβάλλον στην περιοχή των ριζών, κάτι που είναι απαραίτητο για να ενεργοποιούνται τα θρεπτικά συστατικά και έτσι να γίνονται πιο εύκολα επεξεργάσιμα από τις ρίζες. Αυτός είναι και ο βασικός λόγος που η τύρφη χρησιμοποιείται πολύ και στα καλλωπιστικά φυτά, αλλά και τις καλλιέργειες. Ένα άλλο πρόβλημα με την τύρφη είναι και το γεγονός ότι με τον καιρό χάνει τις ιδιότητες της και πρέπει να αντικατασταθεί. Αυτό ουσιαστικά είναι και το πιο σοβαρό επιχείρημα κατά της χρησιμοποίησης της. Εκτός και είναι κανείς διατεθειμένος κάθε φορά να στήνει το ενυδρείο από την αρχή, κάτι που κάποιοι έχουν αποδεχτεί για να έχουν πιο καλά αποτελέσματα.

Ένα άλλο στοιχείο που παίζει ρόλο για τα ψάρια είναι το χρώμα και η μορφή του χαλικιού. Λευκό ή πολύ ανοιχτόχρωμο χαλίκι αντανακλά το φως και δημιουργεί ανασφάλεια στα πιο πολλά ψάρια, ενώ αν το χρώμα είναι σχετικά σκούρο, τα ψάρια νοιώθουν πιο καλά και αυτό έχει σαν αποτέλεσμα να δείχνουν πιο πολύ τα χρώματα τους, αφού ο φόβος τις πιο πολλές φορές τα κάνει να έχουν χρώματα άτονα. Στην φύση βέβαια συνήθως η άμμος ή το χαλίκι είναι λευκό ή ανοιχτόχρωμο. Δεν είναι όμως το νερό συνήθως τόσο διαυγές και συχνά έχει ένα χρώμα καφέ. Επιπλέον εκεί, με τα διαφορετικά βάθη και τις δυνατότητες που έχουν τα ψάρια να κρύβονται όταν χρειαστεί, μιλάμε τελικά για διαφορετικές συνθήκες από αυτές του ενυδρείου.

Επιπλέον αποφεύγουμε να βάζουμε υλικά που έχουν ακμές αιχμηρές, αφού μπορεί να τραυματίσουν κάποια ψάρια, όπως τα είδη corydoras, Botia  και όχι μόνο. Παράδειγμα τέτοιου υλικού είναι το χαλίκι από τεμαχισμένη λάβα. Έχει πολύ καλό σκούρο χρώμα και είναι πορώδες πέτρωμα, πράγμα που το κάνει ελαφρύ αλλά και κατάλληλο για εγκατάσταση βακτηριδίων, αλλά τα κομμάτια του είναι αιχμηρά, και άρα ακατάλληλα για υπόστρωμα. Είναι από τα υλικά που έχουν χρησιμοποιηθεί όμως πολύ τα προηγούμενα χρόνια σαν υλικό φιλτραρίσματος.

Για ένα ενυδρείο που θα έχει και φυτά καλό είναι να έχουμε υπόστρωμα σε ύψος τουλάχιστον 5-6 cm. Ακόμα πιο καλό είναι να φροντίζουμε να βάζουμε το υπόστρωμα με τέτοιο τρόπο που να είναι στο μπροστά μέρος πιο χαμηλό και προς τα πίσω να έχει μεγαλύτερο ύψος, για να δίνει την αίσθηση του βάθους, αλλά και γιατί συνήθως στο πίσω μέρος βάζουμε φυτά που γίνονται πιο ψηλά, και άρα ευνοούνται από πιο βαθύ υπόστρωμα. Ένας τρόπος είναι να δημιουργούμε επίπεδα διαφορετικά και να τα χωρίζουμε μεταξύ τους με πέτρες ή ξύλα. Αυτό σε ενυδρεία που έχουν αρκετό βάθος δίνει πολύ καλό αποτέλεσμα και αποφεύγουμε την μονοτονία στον βυθό. Από ένα σημείο και μετά μπαίνει το προσωπικό γούστο του καθενός και μπορούμε να φτιάξουμε πολύ όμορφα σύνολα εν δεν καταφύγουμε σε υπερβολές.

Ανεξάρτητα από που έχουμε προμηθευτεί το χαλίκι ή την άμμο, είναι απαραίτητο, πριν το βάλουμε στο ενυδρείο μας να το πλύνουμε πολλές φορές με νερό για να φύγει η σκόνη, αλλά και για να απομακρύνουμε τα πιθανά σκουπίδια που μπορεί να περιέχει, στην περίπτωση που έχουμε βρει το χαλίκι στην φύση. Για αυτό τον σκοπό μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε ένα δοχείο, να βάζουμε ένα μέρος του χαλικιού κάθε φορά και να το πλένουμε μέχρι να πάψει να θολώνει το νερό.